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Linux笔记

Linux shell合并fastq测序数据/批量fastqc小脚本|merge|multiqc

Linux shell合并fastq测序数据/批量fastqc小脚本|merge|multiqc
合并fastq测序数据不同泳道的同一个样品测序数据经过质量检查QC后是可以合并的。本例中文件命名情况如下:示例文件名:83b_S156_L004_R1_001.fastq.gz,其中83b_S156是样品名,L004是泳道,R1是正向序列。这时候只需要用这个小脚本即可:ls *R1* | cut -d _ -f 1,2 | sort | uniq……Continue reading »

Jason 3 months ago (02-04) 59Views 0Comments0个赞

Linux笔记

Linux下rsync使用实例:增量同步|单向覆盖|仅更新

Linux下rsync使用实例:增量同步|单向覆盖|仅更新
前言如果手上经常有大量数据需要跨服务器转移,那么rsync真的是个好东西!功能非常的丰富,这里记录一下自己实际使用的案例,不定期增加内容和更新。inplace参数:实现块文件/镜像文件增量备份与复制简而言之就是:1. rsync默认情况下是将更新的文件复制到目标路径后替换旧文件default method of creating a new cop……Continue reading »

Jason 3 months ago (01-27) 93Views 0Comments0个赞