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标签:fastq

Linux shell合并fastq测序数据/批量fastqc小脚本|merge|multiqc

合并fastq测序数据不同泳道的同一个样品测序数据经过质量检查QC后是可以合并的。本例中文件命名情况如下:示例文件名:83b_S156_L004_R1_001.fastq.gz,其中83b_S156是样品名,L004是泳道,R1是正向序列。这时候只需要用这个小脚本即可:ls *R1* | cut -d _ -f 1,2 | sort | uniq……